毛細管電泳儀具有多種分離模式(多種分離介質(zhì)和原理)，故具有多種功能，因此其應用十分廣泛，通常能配成溶液或懸浮溶液的樣品(除揮發(fā)性和不溶物外)均能用CE進(jìn)行分離和分析，小到無(wú)機離子，大到生物大分子和超分子，甚至整個(gè)細胞都可進(jìn)行分離檢測。它廣泛應用于生命科學(xué)、醫藥科學(xué)、臨床醫學(xué)、分子生物學(xué)、法庭與偵破鑒定、化學(xué)、環(huán)境、海關(guān)、農學(xué)、生產(chǎn)過(guò)程監控、產(chǎn)品質(zhì)檢以及單細胞和單分子分析等領(lǐng)域。
目前，毛細管電泳儀分析技術(shù)被藥物分析工作者在藥品檢驗領(lǐng)域迅速推廣應用。
藥物分析大致可以分為兩部分：
一、原藥的定量、原藥中雜質(zhì)的測定、藥劑分析以及對它們穩定性的評價(jià)等以藥品質(zhì)量管理為目的的測定方法。這些方法要求有良好的選擇性、適當的分析靈敏度和可靠的準確度等;
二、對進(jìn)入人體內的藥物或代謝物的吸收、分布、代謝、排泄等體內動(dòng)態(tài)的研究，即臨床藥物分析。這兩部分的測定一般需要分離和檢測手段相結合。
1、CE在藥物制劑分析中的應用
藥物制劑中成分復雜，除含有有效成分外，往往還含有一些有效成分的穩定劑或保護劑，一般幾毫克的有效成分需要幾十毫克的基體。
CE法具有能排除高含量復雜基體干擾、檢測痕量成分的能力，且樣品只需經(jīng)簡(jiǎn)單預處理即可分析其有效成分含量，現已廣泛應用于片劑、注射劑、糖漿、滴耳液、乳膏劑及復方制劑等各種劑型中主藥成分的定量測定。
2、CE在藥物雜質(zhì)檢查中的應用
藥物合成中帶入的雜質(zhì)和藥物的降解產(chǎn)物通常與藥物有相似的結構，而且一般含量很低。CE作為藥物的雜質(zhì)痕量組分分析方法，具有多組分、低含量和同時(shí)分離分析能力，故可以用毛細管電泳作為藥物雜質(zhì)的檢測手段。CE也可以用于藥物生產(chǎn)過(guò)程控制與檢測，以保證藥物質(zhì)量，提高工藝水平。
3、CE在中藥分析中的應用
中藥品種繁多、藥材產(chǎn)地各異、成分復雜，無(wú)論是藥材還是成藥的分析，都是一項非常艱難的任務(wù)。中藥分析工作用現代化儀器設備和科技手段(如薄層色譜、HPLC等)雖取得巨大進(jìn)展和成就，但往往只是對藥材和成藥成百上千個(gè)成分中的一個(gè)或幾個(gè)成分的分析，實(shí)際只是一種象征性的代表式分析，與之起化學(xué)和藥理效應的實(shí)際組合成分(起碼是有效成分)相比，仍有相當大的距離。
隨著(zhù)CE技術(shù)對中藥材及其有效成分的鑒別與分析的快速發(fā)展，建立在此基礎上的中成藥和中藥復方制劑中有效成分的定性、定量分析已有進(jìn)展，且有希望解決長(cháng)期困擾中藥質(zhì)量控制中的重大難題。近年，報道CE分析中藥材已有18種、成藥70種和有效成分120個(gè)以上。
